Os projetos financiados pelo FDDF-MPBA devem prestar contas ao Conselho Gestor. As prestações poderão ser parciais em até 15 dias úteis, exigíveis a qualquer momento durante a execução, ou prestações definitivas em até 30 dias após a conclusão, ambas apresentando relatórios e comprovação de despesas. Poderão ser solicitadas informações adicionais e, se houver pendências, a entidade terá 15 dias para resolvê-las, sob risco de sanções. Se forem encontradas irregularidades, garantido o direito de defesa, a parceria pode ser suspensa ou encerrada. A prestação de contas ao Conselho Gestor não isenta a entidade de reportar-se ao Tribunal de Contas ou cumprir outras obrigações legais.