O Fundo de Defesa dos Direitos Fundamentais (FDDF – MPBA) é administrado por um Conselho Gestor composto por 07 (sete) representantes, sendo 05 (cinco) representantes do Ministério Público do Estado da Bahia. Foram designados os seguintes membros pelo Procurador-Geral de Justiça para o biênio 2026/2028, por meio da Portaria nº 3471/2026, de 12 de agosto de 2026:

• Promotor de Justiça Rogério Luis Gomes de Queiroz (Conselheiro Presidente);
• Promotora de Justiça Andréa Scaff de Paula Mota (Conselheira Vice-Presidente);
• Promotor de Justiça Hugo Casciano de Santa’Anna (Conselheiro);
• Promotora de Justiça Patricia Kathy Azevedo Medrado Alves Mendes (Conselheira);
• Promotor de Justiça Márcio José Cordeiro Fahel (Conselheiro);
• Promotor de Justiça Augusto César Carvalho de Matos (Conselheiro Suplente);
• Promotora de Justiça Rita Andrea Rehem Almeida Tourinho (Conselheira Suplente).

Além disso, também compõem o Conselho Gestor 02 (dois) representantes de entidades da sociedade civil relacionadas à defesa dos direitos fundamentais. Em 29 de julho de 2024, foi publicado Edital de Chamamento Público nº 3026/2024 para seleção dessas entidades com mandato de 2 (dois) anos, tendo sido selecionadas e reconduzidas para o biênio 2026/2028, as seguintes instituições: 

• Associação Obras Sociais Irmã Dulce, inscrita no CNPJ nº 15.178.551/0001-17, representada pela Gestora de Captação da OSID, Fagna Freitas Santana Calomeni (Conselheira);
• Santa Casa da Misericórdia, inscrita no CNPJ nº 15.153.745/0001-68, representada pela Gerente de Impacto Social, Soraia Palmeira Ferreira (Conselheira).